معمولا در کتابها یا راهنما ها برای فعال کردن محیط ایزوله پایتون از دستور زیر استفاده میکنند.
source my_env/bin/activate
ولی وقتی در در کامند پرامپت ویندوز میخواید همین کار رو انجام بدید باید از دستور زیر استفاده کنید.
my_env/scripts/activate.bat
یعنی چون در واقع دستور source در ویندوز وجود ندارد باید با bat فایلی که برای این کار ساخته شده است محیط ایزوله را فعال کنیم.
توضیحات بیشتر رو از داکیومنت virtualenv میتونید بخونید.
لینک همین مشکل در stackoverflow